核查专班首赴浙江台州府，针对此前被举报囤积粮食之寺院开展核查。抵台后，专班第一时间联络浙江布政使秦仲，秦仲即遣当地官员与玄夜卫密探配合。专班抵寺院时，方丈故作镇定，亲出接待，谎称寺内粮食仅够僧人日常食用，绝无囤积，且主动引核查人员查看公开粮仓。然核查人员未为表象所惑，依玄夜卫密探所供密报，直奔寺院后山。至后山一处隐秘山洞前，方丈脸色骤变，试图阻挠。核查人员当即出示官府文书，强行入洞，果于洞内发现大规模隐秘粮仓，查获囤积粮食三千余石、药材百余斤，仓内尚有详备之收购与抛售记录，显示该寺院借低价收购、高价抛售粮食，已牟取暴利白银五千余两。
铁证面前，方丈无从抵赖，低头认罪，承认囤积粮食牟利之实。温彦接专班汇报后，即刻下令：没收该寺院全部囤积物资，由户部统一调配；寺院方丈交由当地按察使司审理，追究法律责任。
户部右侍郎方泽接温彦指令，即刻从户部抽调专人赴台州，统筹调配没收物资。他详加测算，将三千余石粮食分作两部分：一千五百石运往台州灾区，由当地官府设赈灾粥棚，免费向灾民发放，缓解饥馑；余一千五百石经漕运转运至沿海抗倭前线，补充水师军粮储备。没收之百余斤药材，则交兵部右侍郎裴衍，裴衍依各军营医疗点需求，精准调配至沿海抗倭水师军营与西北边防军营，保障将士伤病救治。同时，核查专班对该寺院全部资产全面清算，追缴其囤积牟利所得白银五千两，尽数上缴国库，充作抗倭军费。方泽将物资调配与资金追缴情状详录，形成专项报告上报户部尚书谢明，谢明审核后复呈萧燊御览，确保全程公开透明、有据可查。
于山东青州，核查专班发现某寺院长期勾结地方劣绅，借胁迫、低价收购等手段，强占百姓土地百余亩，复将土地出租予百姓耕种，收取高额地租，百姓稍有拖欠便遭寺院僧人与劣绅爪牙殴打欺凌。专班查实后，当即依法收回被强占之百余亩土地，逐一核实原主人信息，尽数退还百姓；同时将寺院住持与涉事劣绅捉拿归案，交由山东按察使司从严惩处。河南巡抚柳恒亦高度配合核查，亲率专班清查河南境内宗教场所土地使用情状，对非法圈地、兼并土地之举坚决纠正，规范宗教场所土地使用范围，严禁其借宗教名义侵占百姓利益。
此次全国范围宗教场所资产核查，历时两月有余，覆盖全国百余处宗教场所，查获非法囤积粮食两万余石、药材三千余斤、布匹五千余匹，追缴非法敛财所得白银数万两。户部尚书谢明汇总物资调配与资金追缴整体情状，向萧燊呈递详奏：“此次清缴之非法囤积物资，已尽数用于赈灾与抗倭事业。其中赈灾粮食惠及山东、浙江、湖广等灾区灾民十余万人，有效缓解灾区粮荒；前线军粮、药材供应显着补充，将士作战底气更足。此次核查，既严打宗教不良势力非法行径，又切实惠及民生、助力战事，一举两得，成效显着。”萧燊阅后龙颜大悦，传旨嘉奖温彦、谢明及核查专班全体官员。
玄夜卫指挥使陆冰，始终牢记萧燊“彻查宗教势力与倭寇勾结”之指令，于配合资产核查专班工作之同时，暗增对宗教场所内外勾结行为之侦查力度。他遴选麾下数十名精锐密探，经专门培训后，伪装成信众、商贩、游方僧人等不同身份，潜入沿海地区重点宗教场所，开展秘密侦查。陆冰亲定侦查方案，令密探重点关注宗教场所与海外商船往来情状，留意是否有不明身份人员频繁出入，是否存在传递隐秘信件等行为。
于福建泉州某知名寺院，玄夜卫密探伪装香客潜入后，经多日观察，发现诸多可疑：该寺院住持频繁与海外商船船长私下会面，每次皆择寺院最偏僻禅房，且会面时严禁任何人靠近；每日深夜，均有不明身份者身着黑衣，从寺院后门潜入，与住持密谈后悄然离去；寺院藏经阁看似寻常，实则戒备森严，除住持外，仅两名心腹僧人可入内。密探不敢打草惊蛇，持续潜伏侦查，终在一次深夜，趁黑衣人与住持密谈之际，悄然靠近禅房，隔窗听得关键信息——原来该住持受倭寇首领指使，以寺院为秘密联络据点，专司刺探沿海水师布防、军粮转运路线、战机部署等核心军情，再通过海外商船传递予倭寇；同时，该寺院还暗为倭寇提供淡水、粮食补给，协助倭寇奸细躲避水师巡查。密探趁机记录黑衣人脸貌特征，待其离去后悄然跟踪，获取其与倭寇商船联络之证据。
陆冰接密探汇报，深知此事关乎沿海海防安危，不敢耽搁，当即亲将侦查结果上报萧燊，并请协同浙闽沿海副总兵郑毅龙、福建按察使司佥事林文博开展抓捕行动。萧燊当即批准，下旨：“着陆冰、郑毅龙、林文博协同作战，务必将涉案人员悉数抓获，查清勾结网络，严防军情泄露。”
接旨后，三人迅速召开秘密会议，定抓捕计划：由郑毅龙率水师官兵封锁寺院周边海域与陆路通道，防涉案人员逃脱；由陆冰率玄夜卫密探突袭寺院，抓捕住持、黑衣奸细及核心党羽；由林文博率按察使司官员，负责现场证据固定与后续审理。深夜三更，抓捕行动启动，玄夜卫密探与水师官兵悄无声息包围寺院，随即迅速突袭，成功抓获寺院住持、五名倭寇奸细及十余名寺院核心党羽，于藏经阁内查获传递情报之密信、加密沿海布防图、倭寇首领致住持之指令等关键证据。
抓捕毕，林文博即刻组织审理。确凿证据面前，寺院住持与倭寇奸细均无从抵赖，如实供认勾结倭寇、刺探军情、提供补给之全部犯罪事实。据供认，该住持早年因贪腐遭官府查处，逃亡海外时被倭寇捕获，后降倭寇，受其首领派遣返大吴，以寺院住持身份为掩护，长期从事间谍活动，已向倭寇传递军情数十次，致沿海多次抗倭作战失利。
依《大吴律》“通敌叛国”条款，萧燊下旨：判处寺院住持与五名倭寇奸细凌迟处死，抄没寺院全部资产；涉案十余名核心党羽分判流放、杖责等刑罚。同时，萧燊令郑毅龙牵头，联合玄夜卫建立“沿海宗教场所巡查机制”，定期巡查沿海宗教场所，排查间谍隐患，严防倭寇再借宗教名义渗透。
此案告破，不仅铲除倭寇安插于沿海之重要间谍据点，更极大震慑沿海宗教势力。诸多宗教场所主动向官府报备与海外人员往来情状，清理内部可疑人员，积极配合官府防谍工作。郑毅龙后续奏报有云：“沿海宗教场所防谍意识显着提升，主动配合巡查，倭寇情报传递渠道遭严重破坏。近期水师依所掌情报，成功拦截三批倭寇劫掠船队，击沉倭寇船只十余艘，捕获倭寇两百余人，沿海抗倭战果显着，海防防线愈固。”
萧燊关注整肃进展之同时，始终强调“疏堵结合”之要，多次叮嘱温彦：“宗教整肃之目的，非打压宗教，乃规范其发展，引导其向善为民。打击不法势力之际，当积极引导合法宗教场所发挥积极作用。”温彦牢记嘱托，推进规范与核查工作之同时，积极谋划引导宗教界向善之具体举措。经反复研讨，终推行“宗教慈善劝募计划”，号召全国各地合法宗教场所发挥自身影响力，组织信众积极参与赈灾济困、支援抗倭等慈善活动，以实际行动践行“护国济民”之宗教宗旨。
为推动“宗教慈善劝募计划”落地，温彦先从京中入手。京中某着名寺院，历史悠久，信众众多。温彦亲往拜访住持，详阐“护国济民”之理念，讲解当前抗倭与赈灾之紧迫性。住持深受触动，当即表示愿响应号召，率先发起“抗倭捐粮”活动。寺院迅速张贴劝募公告，住持亲于大雄宝殿向信众宣讲：“佛法讲究普度众生，护国济民便是最大修行。如今沿海倭寇作乱，灾区百姓受苦，我等身为佛门弟子，理应挺身而出，捐粮捐物，支援前线将士，助灾区百姓渡难关。”
在住持带动下，京中信众纷纷响应，短短三日便捐出粮食两千余石、白银三千余两、衣物千余件。温彦亲往寺院表彰，由礼部颁“善举楷模”牌匾，号召全国各地宗教场所向其学习。
京中寺院带动之下，江南、湖广、山东等各地宗教场所纷纷响应“宗教慈善劝募计划”，开展各类慈善活动：苏州府宗教场所联合发起“赈灾粥棚”，于灾区设十余处粥棚，免费为灾民供粥；浙江沿海宗教场所主动为抗倭乡勇提供临时休整之所，寺院僧人更以自身医术，为受伤乡勇提供基础医疗救治；湖广地区宗教场所组织信众参与修桥铺路、修缮堤坝等民生工程，助力地方恢复生产。
苏州知府李董敏锐察觉宗教场所之积极作用，主动与当地宗教场所沟通协作，借其影响力组织信众参与沿海堤坝加固工程。宗教场所住持亲往宣讲动员，两日内便动员百余信众参与劳作，此辈信众自带工具，不计报酬，极大加快堤坝加固进度，为抵御台风与倭寇水攻提供有力保障。
礼部左侍郎温庭玉深知引导工作需长期坚持，遂牵头组织礼部官员，收集整理全国各地宗教界慈善事迹，编撰成《教务善举录》。书中详录各宗教场所开展慈善活动之具体情状、信众感人事迹，亦收录部分宗教领袖关于“护国济民”之宣讲言辞。温庭玉将《教务善举录》下发各地官府与宗教场所，令各地官府组织官员学习，令宗教场所组织信众诵读，进一步引导宗教界树立“护国爱民”理念。同时，朝廷出台激励政策，对积极参与慈善、支援抗倭之宗教场所予政策扶持：适当减免其土地赋税，优先保障其正当教务所需物资供应，于宗教场所评级中加分。
一系列引导举措成效显着，原本对官府心存戒备之宗教界人士，渐释顾虑，主动配合朝廷工作。诸多宗教领袖亲赴官府，为地方治理、赈灾抗倭建言献策。温彦向萧燊呈递之奏报有云：“各地宗教界积极响应朝廷号召，主动参与慈善活动，赈灾济困、支援抗倭，与官府同心协力。如今政教关系愈趋和谐，信众对朝廷认同感显着提升，民心进一步凝聚，为北伐抗倭大业奠定坚实民心基础。”萧燊阅后甚慰，令温彦继续深化引导工作，推动宗教界长期参与公益事业。
都察院左都御史虞谦率监察专班，依中枢“同步督查吏治”之要求，分赴全国各地，开展宗教整肃专项督查。虞谦定“明察暗访、从严惩处”之督查原则，令督查人员既查阅地方官府工作台账、奏报文件等公开资料，亦深入民间，走访百姓与宗教场所负责人，察地方官员实际履职情状。督查重点聚焦三类问题：一者对宗教乱象视而不见、推诿扯皮、履职不力之官员；二者收受宗教势力贿赂、包庇纵容非法宗教活动之官员；三者在物资清缴、赈灾发放等工作中贪墨挪用、中饱私囊之官员。
于山东青州，督查专班暗访发现，当地知县早已知晓某道观非法圈地、欺压百姓之举，然因收受道观住持所赠金银珠宝，便始终视而不见，甚者在百姓举报时出面压制，致该道观非法行径持续半年之久，百姓怨声载道。虞谦闻之怒不可遏，当即下令将该知县革职查办，押解京城移交刑部审理。
经深入调查，督查专班还发现各地共有十余位官员存在不同程度失职渎职：有官员在宗教活动规范工作中敷衍了事，未按要求张贴《规范令》；有官员在资产核查中为宗教场所通风报信，助其转移非法资产；有官员在赈灾物资发放中，将优质粮食留予亲友，将劣质粮食发放灾民。针对此辈官员，虞谦依其违纪违法情节轻重，分别处置：三人因贪墨数额巨大、情节恶劣，判流放三千里；五人因包庇纵容非法宗教活动，革职查办；其余人员分受降职、杖责、罚俸等处分。都察院将此等案例整理成册，通报全国各级官府，警示各地官员引以为戒，秉公办事，严格落实宗教整肃政策。
从严惩处失职渎职官员之同时，虞谦亦重表彰先进、激励士气。他令督查专班在督查中，主动发掘积极推进整肃、成效显着之官员。浙江台州知府在宗教整肃中，主动担当、积极作为，既精准打击寺院囤积粮食乱象，又妥善组织赈灾物资发放，确保灾民安置妥当；同时，积极引导当地宗教场所开展慈善活动，推动政教和谐。温彦向虞谦举荐此人，虞谦经实地核查，确认功绩属实，当即向萧燊奏请表彰。萧燊下旨：晋升浙江台州知府为浙江按察使司副使，以示嘉奖。此外，宗教管理司一名主事在规范宗教活动、核查资产等工作中，始终坚守岗位、秉公办事，处置问题精准高效，亦被虞谦举荐提拔为郎中。
虞谦在督查中发现，部分地方官员履职不力，除自身品行问题外，缺乏明确考核约束机制亦是重要缘由。为此，他向萧燊奏请：“建议完善宗教管理考核机制，将宗教整肃成效、政教和谐程度、百姓满意度等指标纳入地方官员年度考核体系，与官员升迁、奖惩直接挂钩。对考核优秀者，优先提拔任用；对考核不合格者，予以降职、调离等处理，从制度上保障宗教管理工作长效推进。”萧燊以为切中要害，当即准奏，令吏部右侍郎沈从之牵头，联合都察院、宗教管理司，制定具体考核细则。沈从之迅速组织相关官员开展工作，经一月研讨修订，《宗教管理工作考核细则》正式出台，为地方官员履职提供明确考核依据。
专项督查与考核机制完善之双重举措，有效肃清吏治风气。各地官员深刻认识宗教整肃之重要性，推进工作之积极性与责任心显着提升，往昔推诿扯皮、敷衍了事之象尽消。诸多官员主动深入一线，调研宗教情状，及时解决整肃中出现之问题，确保各项政策精准高效落实。都察院后续督查回访显示，各地宗教整肃工作质量显着提升，百姓对官府工作满意度大幅提高。
随宗教整肃取得阶段性成效，如何巩固成果、避免乱象反复，成为萧燊与群臣关注之重点。阁老杨璞，素精研律法，深知制度保障之重要。他向萧燊上奏：“陛下，此次宗教整肃之所以顺利推进，赖陛下英明决策与群臣协同发力。然欲实现宗教管理长治久安，必有完善律法为保障。当前《大吴律》中关于宗教事务之条款简略，仅对部分严重违法宗教行为有所规定，对日常宗教活动规范、宗教资产监管等内容缺乏明确条款，致部分地方官员处置宗教事务时无据可依，难以精准把握尺度。恳请陛下恩准，修订《大吴律》相关条款，完善宗教管理律法体系，确保宗教管理有法可依、有章可循。”
萧燊深以为然，当即准奏，令杨璞牵头，联合刑部、礼部、宗教管理司等部门核心官员，组建律法修订专班，负责《大吴律》宗教相关条款修订。修订专班先全面梳理各地整肃中遇之法律问题，结合宗教管理实际需求，开展修订。经三个多月反复研讨、论证与修改，《大吴律》宗教相关条款修订完成。修订后之律法，新增“非法宗教活动罪”“宗教场所囤积战备物资罪”“宗教势力勾结外敌罪”“宗教人员胁迫他人入教罪”等多个罪名，明确各类罪名构成要件与量刑标准；同时，补充宗教场所合法经营、宗教活动报备、宗教资产监管、宗教界参与慈善活动等相关条款，对宗教场所土地使用、香火钱管理、跨区域宗教交流等行为作出详细规范，为宗教管理提供全面、系统之法律依据。
温彦深知律法生命力在于执行，《大吴律》修订完成后，即刻组织宗教管理司官员，依新修订律法制定《宗教事务管理细则》。《细则》对宗教场所登记备案、宗教活动报备、资产核查、违法