内阁收到李默之反馈后，萧燊当即召集阁臣议事，迅速做出部署：协调工部冯衍、徐策团队，将沿海抗倭战船改良工作列为优先事项，抽调技术骨干全力推进；将原本计划用于北伐之部分海外优质造船木料，临时调配给浙闽水师造船厂，保障战船改良进度；同时指令太仆寺卿滕万里，增派数百匹驿马，优化沿海驿道布局，保障沿海各哨所、军营之间的情报传递，提升预警效率。郑毅龙借助内阁之快速响应，迅速整合资源，完成了沿海预警防线的加固工作，训练中的抗倭乡勇也提前配备了所需兵器，御倭准备愈发充分。
除南北双线联络机制外，内阁还创新性建立了与六部的“每日晨会机制”，进一步打破信息壁垒。每日清晨卯时，各部首长皆派遣得力专员前往内阁，通报本部门当日工作进展、重点任务及需内阁协调解决之问题；阁臣则同步传达内阁最新决策要点，明确各部门当日工作重点，现场协调解决跨部门协作梗阻问题。户部尚书谢明通过晨会，提前知晓内阁拟增派西北兵力之具体计划，得以提前调整粮草转运方案，确保粮草供应与兵力增派精准匹配；工部冯衍侍郎则通过晨会，及时获取前线火器需求变化信息，第一时间调整生产计划，避免了物资浪费与需求脱节。“每日晨会机制”让内阁与六部信息传递实现实时同步，信息壁垒被彻底打破，部门协同效率大幅提升。
为彻底解决内阁与六部、地方官府之间权责交叉、推诿扯皮之积弊，杨璞阁老牵头，组织律法专家与各部门骨干官员，深入研讨，修订完善《内阁与诸司权责清单》，清晰划分各方权责边界。清单明确规定：内阁专司战略决策、全局统筹协调与重大事项审议，不得越权干预具体执行事务；六部专司决策执行、具体事务办理与一线督导检查，需主动对接内阁，及时反馈执行情况，不得推诿决策责任；地方官府则专司政策落地实施、地方民生保障与前线后勤支援，需兼顾民生与军需，确保后方稳固。权责清单的修订，从制度层面厘清了各方职责，避免了“内阁越权干预执行、六部推诿决策责任、地方敷衍应付”之弊。
在北伐军需统筹这一核心事务中，权责划分的优势得以充分显现：内阁战时统筹司牵头制定军需总体调配计划，结合前线需求与各方资源，明确户部、工部、兵部的具体职责分工与时间节点；户部负责粮草、经费的筹集与转运，谢明尚书与王砚侍郎牵头梳理盐铁税银、地方赋税，统筹漕运队伍，保障军需足额、及时供应；工部负责火器、战船、军装等军备的生产制造，冯衍、徐策团队紧盯改良火器量产进度，优化生产流程，提升产能；兵部负责军需物资的接收、分发与前线配送，裴衍侍郎派驻专人全程跟进，建立物资配送台账，确保物资精准送达前线各军营。各方依据权责清单，各司其职、无缝衔接，此前推诿扯皮、效率低下之现象彻底消失，军需统筹工作高效推进。
阁臣内部的权责划分亦愈发清晰，协作效率大幅提升。张伏阁老牵头之地方实务与民生衔接小组，将工作重点放在河南、江南等粮食主产区与北伐后勤保障关键区域，深入推进农耕增产与粮草征集工作。张伏亲自前往河南、江南考察，与河南巡抚柳恒、苏州知府李董等地方官员密切对接，制定“粮草征集与民生保障平衡方案”，在确保北伐粮草供应的同时，保障地方百姓基本生活，确保北伐后方民生稳定、粮草充足；杨璞阁老牵头之律法合规小组，简化审核流程，快速审核北伐相关的征兵、征粮、物资征用等政令，确保各项决策合规合法，同时针对战时特殊情况，提前拟定相关律法解释与豁免条款，为战时政务推进提供坚实律法支撑；杨启阁老的监察督查小组，则每日核查各小组、各部门的工作进度，对照权责清单与时限要求，对延误要务、推诿塞责的行为及时上报处置，确保各项工作有序推进。
李云岫大学士的军需统筹与漕运协调小组，已然成为内阁效能提升的核心枢纽。李云岫每日汇总户部粮草转运进度、工部军备生产情况、兵部物资分发状态，梳理形成《战时军需日报》，详细列明各项物资的生产、储备、转运、交付情况及存在的问题，呈递萧燊与内阁诸臣，为决策提供精准参考；针对江南漕运拥堵、粮草转运延迟问题，他主动召集户部右侍郎方泽、江南漕运沿线各府知府召开协调会，优化漕运路线，增设中途转运驿站，调配更多漕船与纤夫，将江南粮草运往西北的时间缩短了五日；针对火器生产原料短缺问题，他及时协调陈商郎中加快海外铁矿引进进度，对接工部优化原料分配方案，确保了改良火器量产工作不受影响。
权责清晰带来了高效协作，紧急事务处置能力显着提升。一日，西北边防突发鞑靼小规模突袭，某边境哨所被围，急需紧急调运粮草支援前线。接到急报后，张伏小组快速响应，协调哨所周边州县官府紧急征集粮草；李云岫小组同步协调漕运与驿马转运队伍，制定最优转运路线，确保粮草快速送达；杨璞小组快速审核调运政令，确保程序合规、政令畅通；杨启小组全程监督各环节进度，及时协调解决转运过程中出现的梗阻问题。各环节无缝衔接，高效协同，仅用一日时间便完成了粮草的征集与启运，及时支援了前线防守，成功解除哨所之围。萧燊得知此事后，对阁臣们的协作成效大加赞赏，感叹道：“权责明则效率高，协作畅则万事兴。诸卿今日之举，尽显中枢统筹之能，此乃双线破局之关键！”
为确保内阁效能提升整顿措施落地见效，避免“纸面整顿”“形式主义”，杨启阁老牵头之监察督查小组，建立了“全流程督查机制”，对内阁议事、决策执行、部门协同等各个环节开展全方位、无死角监督。小组结合整顿要求，详细制定《战时政务督查细则》，明确督查重点、督查方式、问责标准，将“议事超时限、执行打折扣、协同不到位、推诿塞责”等行为列为重点督查事项，区分情节轻重，制定了警告、罚俸、降职、罢官等阶梯式惩处措施，确保督查有章可循、问责有据可依。
督查机制推行不久，督查小组便迅速查处首起问责案例。户部一名主事，在审核西北粮草转运单据时，态度懈怠，拖延推诿，导致一批粮草延迟两日启运，险些影响前线补给。杨启阁老得知后，立即安排专人核查取证，确认情况属实后，即刻上报萧燊，建议对该主事予以罚俸三月、通报批评的处分，并追究其直属上司的监管责任。萧燊阅奏后，当即准奏，并下旨通令各部院引以为戒：“战时政务，关乎社稷安危、将士性命，每一环、每一事皆容不得半点懈怠与疏忽。今后凡因个人疏忽、推诿塞责延误要务者，无论官职高低，一律从严问责，绝不姑息！”此旨下达后，各级官员皆心生警醒，履职态度愈发严谨。
针对决策执行“最后一公里”梗阻问题，督查小组进一步建立“回头看”机制，对已下发之决策指令，定期组织专人前往六部、地方官府及前线军营，核查决策执行进度、落地成效及存在的问题。在核查沿海抗倭预警设备配备情况时，督查小组发现浙江某知县，因重视不足、推进不力，未按内阁要求及时为沿海各哨所配备预警信号器，导致部分哨所预警滞后，存在极大安全隐患。督查小组当即下发整改通知书，督促其限期整改，并上报萧燊建议对该知县予以警告处分。在督查压力下，该知县迅速组织人力物力，三日内便完成了所有沿海哨所预警信号器的配备工作，消除了安全隐患。
杨启阁老还创新督查方式，打破“坐等上报”的传统模式，抽调都察院佥都御史柳清臣带队，深入西北、浙闽前线开展暗访督查。柳清臣一行乔装打扮，深入前线军营、边境哨所、沿海防线及地方官府，实地核查内阁决策在前线的落地成效、军需物资使用情况及官员履职状态。暗访过程中，发现西北某军营存在少量军需物资被军官私自挪用、克扣士兵粮饷的现象，柳清臣当即固定证据，连夜上报杨启与萧燊。萧燊得知后，震怒不已，当即下旨令刑部尚书郑衡牵头，组建专项核查组前往西北严查。最终，涉案军官被革职查办，挪用物资被追回，克扣粮饷被补发，同时萧燊令兵部加强军纪整顿，开展全军警示教育，杜绝类似问题再次发生。
严字当头之督查问责机制，如悬顶利剑，令各级官员绷紧了“高效履职、务实担当”之弦。内阁议事时，阁臣们主动聚焦核心问题，直奔主题，不再泛泛而谈、拖延推诿；六部执行决策时，快速部署、狠抓落实，安排专人跟进进度，及时反馈问题；地方官府亦主动对接中枢需求，全力保障前线后勤，推进政策落地。通政使司路正言在奏报中写道：“自督查机制建立以来，朝野官员履职效率显着提升，政务延误、推诿塞责现象大幅减少，中枢决策落地见效速度较此前提升六成，政务清明之风渐盛。”
在精简流程、明确权责、强化督查的基础上，内阁进一步革新议事方式，激发阁臣与各级官员的积极性、主动性与创造性，提升决策科学性。孟承绪中书令率先推行“议题前置机制”：每次内阁议事前一日，将次日议事议题、相关背景资料、前期调研情况等，提前下发给各阁臣与相关部门官员，让大家有充足时间研究思考，查阅相关典籍与政令，形成初步意见；同时鼓励官员结合自身职责与实际情况，提交书面建议，避免议事时临时拼凑观点、盲目争论。此举让阁臣与官员们议事前胸有成竹，议事时能够聚焦核心、高效讨论，大幅提升了议事效率。
针对战时决策复杂性、专业性强的特点，内阁还创新性建立“专家咨询机制”，打破“闭门议事”的局限。萧燊下旨，邀请太师萧景、太傅林文昭、少师魏长风等深谙军国要务的资深元老，及国子监祭酒孔学礼、工部营缮清吏司郎中徐策等在各领域有深厚造诣的专业人才，组成战时决策咨询团，参与重大决策议事。在审议西北烽火台加固与延伸方案时，内阁专门邀请魏长风少师、西北副总兵赵烈等熟悉边防事务的专家参会。魏长风结合前朝边防建设经验，提出“烽火台需增设了望塔与防御工事，兼具预警与防守功能，可在关键节点设置屯兵点，形成联防体系”的建议；赵烈则结合实战经验，提出烽火台间距、信号传递方式等优化建议。这些建议被内阁充分采纳，大幅提升了方案的实用性与可行性。
议事过程中，阁臣们也主动打破“论资排辈、唯上是从”的传统陋习，鼓励畅所欲言、各抒己见，形成了“群策群力、求真务实”的良好氛围。李云岫身为新任大学士，资历尚浅，但敢于直面问题，针对漕运与军需转运协同不畅的问题，提出“漕运与驿马转运联动机制”，建议在关键节点设立转运枢纽，实现粮草快速交接转运。此方案虽与部分资深阁臣的初始想法不同，但经充分讨论，因其务实高效、可操作性强，最终被内阁采纳推行；秦书言、苏晚卿等新锐官员，借助双线联络机制，将前线实际需求与基层情况带入内阁议事，为决策提供了精准的基层依据，彻底改变了此前“中枢决策脱离实际、闭门造车”的弊病。
在审议沿海抗倭战船改良方案时，内阁更是广开言路，邀请水师参将海正刚、工部徐策郎中、海外交流使团成员等多方人员共同议事。海正刚结合多年抗倭实战经验，直言当前战船存在航速慢、火力弱、抗风浪能力差等问题，提出战船需提升航速与火力配置、优化船体结构的建议；徐策从技术层面分析改良可行性，详细阐述了战船木料选择、火炮装配、船体设计等关键技术要点；海外交流使团成员则分享了海外先进战船的设计理念与建造工艺，为战船改良提供了新思路。各方观点碰撞融合，相互补充，最终确定的改良方案，既充分适配沿海作战环境，又融合了先进技术，战船改良完成后，战力较此前提升三成，为后续抗倭胜利奠定了坚实基础。
革新后的议事方式，让内阁决策更加科学精准、务实高效。萧燊亲自前往内阁议事现场观摩，见阁臣与专家、前线官员各抒己见、坦诚交流，最终形成切实可行之良策，欣慰不已，对诸卿说道：“诸卿今日议事，既有资深元老的经验加持，又有一线官员的实际洞察，还有专业人才的技术支撑，如此集思广益、求真务实，方能定出经得起实战检验的良策。今后内阁议事，当始终保持这般务实之风，广纳贤言，共商国是。”
内阁效能提升整顿的成效，很快便在双线御敌的实战中得到充分检验。时值深秋，北风卷地，鞑靼可汗亲率三万精锐骑兵，突袭西北重镇宣府。宣府乃西北边防门户，一旦失守，西北防线将全线动摇。宣府总兵石勇率部顽强抵抗，浴血守城，但鞑靼兵力雄厚、攻势猛烈，守军渐渐不支，石勇紧急上书求援，奏折以八百里加急星夜送往中枢。奏折抵达内阁后，战时统筹司第一时间启动情报整合工作，将石勇求援奏折、玄夜卫侦得的鞑靼兵力部署情报、西北边防兵力分布情况等快速汇总分析，形成精准情报简报：鞑靼主力集中于宣府东门，全力攻城；西北边防其他区域兵力空虚，无增援之力；我方西北主力距宣府两日路程，京营卫所兵力可一日内驰援宣府。
内阁当即启动紧急议事流程，李云岫大学士牵头，快速召集核心阁臣会商，结合情报简报与前线需求，迅速拟定救援方案：令京营镇国将军卫凛率一万精锐铁骑，星夜驰援宣府，从侧翼发起佯攻，牵制鞑靼主力，缓解宣府守城压力；令西北副总兵赵烈率两万兵力，从鞑靼后方迂回包抄，切断其退路与粮草补给线；令户部尚书谢明加急调配宣府周边州县粮草，组织加急转运，保障救援军队与宣府守军补给；令工部侍郎冯衍调拨一批最新改良火炮，由驿马快速运往宣府，增强守军火力。整个议事过程仅用一个时辰，决策指令便快速下发至各部门、各军营。
各部门、各将领接到指令后，快速响应，高效执行。卫凛将军接旨后，即刻集结京营精锐铁骑，下令“人不卸甲、马不停蹄”，星夜驰援，一日内便抵达宣府外围，按计划发起佯攻，鼓声震天，杀声四起，成功牵制了鞑靼主力攻城兵力；赵烈副总兵则迅速整合兵力，隐蔽行军，按计划从鞑靼后方迂回包抄，成功切断了鞑靼的退路与粮草补给线，令鞑靼军心动摇；谢明尚书协调的宣府周边粮草，提前一日抵达宣府，保障了守军与援军的粮食供应；冯衍侍郎调拨的改良火炮也及时送达，守军借助先进火炮，大幅提升了防御火力，有效压制了鞑靼攻势。石勇总兵见援军及时赶到，军心大振，当即下令开城反击，与卫凛、赵烈所部内外夹击，奋勇冲杀。鞑靼军腹背受敌、粮草断绝，大败而逃，此役共歼敌五千余人，成功击退鞑靼大军，守住了宣府重镇。
与此同时，浙闽沿海倭寇趁西北战事胶着、中枢无暇南顾之机，出动十艘主力战船，突袭泉州港口。泉州乃大吴海外交流重要驿站与沿海物资集散地，战略地位重要。郑毅龙副总兵察觉倭寇动向，第一时间通过南线联络专员李默，将情报加急上报内阁。内阁战时统筹司接到情报后，迅速启动协同机制，快速协调部署：令水师参将海正刚率最新改良战船驰援泉州；令福建按察使司佥事林文博协调地方乡勇，协助水师防守港口，疏散百姓；令工部徐策郎中加急调拨一批改良火器，支援沿海守军。决策下达后，各部门高效联动，海正刚水师战船借助改良后的航速优势，两日内便抵达泉州海域；林