经一日清剿，共斩倭两百余人、俘八十余人，仅少数倭贼趁乱逃台州府境，无固定据点，只能流窜。戚承光集诸将议事，闻逃窜倭贼人数少、战力弱，沉声道：“‘斩草要除根，防微杜渐’，绝不可予此辈喘息之机。钱海生，你率水师游击船队，沿台州沿海昼夜巡逻，密控海面与沿海村落；同时令台州百姓密切留意，举发倭踪，必尽擒此股残倭，斩草除根。”
连日清剿，浙闽沿海倭贼残部节节败退，大军共俘倭贼两百余人。此辈成分繁杂，既有顽抗好战之倭首、老兵，亦有被胁参与劫掠之平民、海外流民。戚承光知俘虏处置关乎民心向背、地方安定，即令福建按察使司佥事林文博与宁波知州郑明远协理，于宁波府外设甄别点，对降倭逐一核查、分类处置。
林文博持核查名册，对戚承光拱手道：“‘法者，治之端也；罚者，惩之具也’。俘虏处置须慎之又慎，必严辨顽寇与胁从，不可一概而论。对罪大恶极者严惩，以儆效尤；对胁从者宽宥安抚，方显朝廷威德，固沿海民心。”戚承光深以为然，即分工：林文博牵头甄别，联百姓指认、俘倭供词，核每人事迹；郑明远联胁从者原籍官府，备粮草安置之物，待甄别毕遣返。
甄别工作有序展开，林文博亲坐甄别点，逐一提审俘虏，结合百姓指认、俘倭供词及玄夜卫核查情报，细辨每人身份罪行。经三日核查，筛出顽寇五十余人，此辈多为倭首、老兵，常年劫掠，屠村焚屋，罪行累累，民愤极大；余一百五十余人，多为被胁沿海平民、海外流民——平民遭倭掳走，不从即杀，被迫参与劫掠；流民被倭裹挟，无依无靠，被迫效力，且无大罪。
戚承光决于宁波府广场行处置大会，集沿海百姓、全军将士参会，既显律法威严，亦安民心。大会当日，广场人山人海，百姓扶老携幼而至，眼中满是对倭贼之恨、对处置之盼。戚承光立高台，高声宣处置结果：“今俘倭贼两百余人，经逐一甄别，五十余名顽寇罪行累累、民愤滔天，依大吴律法，当众处斩，以慰死难百姓在天之灵！”随即，五十余名顽寇被押至广场中央，斩首示众，百姓拍手称快，积年怨气得以宣泄。
戚承光复宣：“其余一百五十余名胁从者，若真心悔改，朝廷不问旧罪，即刻发粮草盘缠，遣返原籍，助其重建家园；若再通倭为恶，必斩不饶！”被遣返者纷纷跪地谢恩，泣誓此生不与倭为伍，尽忠朝廷。刑部尚书郑衡得悉处置结果，速奏萧燊。萧燊阅后龙颜大悦，下旨嘉奖：“戚承光甄别得当，仁威并施，既除顽寇以正律法，又安民心以固海疆，甚合朕意。令刑部下文，传谕各地抗倭大军，皆依此例处置降倭，禁滥杀无辜、草菅人命，亦禁姑息养奸、纵虎为患，务使律法与仁政兼顾。”
旨意传至浙闽，戚承光更坚“仁威并施”之策。沿海百姓见朝廷处置公正，对朝廷愈发信服，纷纷协大军清倭、运资，军民同心之局愈固。俘虏处置毕，戚承光即令将士助百姓重建家园：为被焚房屋调木材砖瓦助修缮，为荒废田地组士卒百姓共开垦；秦仲调拨之粮草、新粮种抵后，郑明远与杨文举亲率官吏分送各村，杨文举还现场授百姓耕作之法，助其速复生产。军民同心之下，浙闽沿海被毁村落渐复生机，炊烟袅袅、田垄成行，百姓重露笑颜。
孟春下旬，浙闽沿海偶有阴雨，天气变幻无定。水师游击钱海生率五艘游击战船，沿台州沿海昼夜巡逻，探查倭踪。此日午后，海面骤降小雨，雾气渐浓，钱海生率船队巡至台州外海蛇山岛附近，斥候忽报岛湾停泊十余艘倭船，岛上隐约有倭贼活动，人数约三百余，正搬运粮草军械，疑备新一轮劫掠。
钱海生即令船队隐蔽，遣人密控倭贼动向，同时派斥候快马报戚承光，请兵支援；自率船队封锁蛇山岛周边海域，防倭贼察觉逃窜。戚承光得报，知蛇山岛倭贼若筹备就绪，必重创台州沿海百姓，即决奔袭蛇山岛。他速调两千边军、一千乡勇，乘海正刚率之十五艘水师战船，星夜赴蛇山岛。
途中，海面突遇狂风暴雨，风浪大作，战船颠簸剧烈，不少乡勇晕船呕吐，士气稍挫。戚承光亲巡各船，安抚将士，高声道：“将士们，‘艰难困苦，玉汝于成’。蛇山岛乃倭贼在浙闽最后重要据点，克此岛则残倭尽清，百姓得安。尔等再坚持片刻，功成之日，朝廷必有重赏，某与诸位同生共死，共破倭贼！”激励之下，将士们重振精神，克服晕船之苦，整备军械，以待战事。
次日清晨，雨歇风平，戚承光船队抵蛇山岛外海，与钱海生游击船队汇合。戚承光即令海正刚率水师正面轰倭船，徐策改良之神威火炮威力无穷，十余门炮齐发，“轰”声震耳，炮弹精准击岛湾倭船，瞬间击沉三艘，余倭船慌忙避于岛湾深处，不敢露头。戚承光见倭船被制，令将士乘小艇分批登岛进攻。倭贼早已于岛口设严防，架火铳、弓箭，小艇近岸时，即疯狂射击，登岛大军受阻。
戚承光立旗舰船头，察岛上地形后速调战术：“倭贼聚兵守岛口，后侧防御必弱。你等率一千兵力，仍于岛口正面佯攻，尽吸倭贼注意力；某率五百精锐边军，绕至岛后侧悬崖，攀崖突袭其后方。”部署毕，正面部队加大攻势，弓箭、火铳齐发，与倭贼激烈对射；戚承光率五百精锐，借雾气掩护，绕至蛇山岛后侧悬崖。
悬崖陡峭湿滑，多处无借力之处，将士们手脚并用，腰系绳索艰难攀爬，数人不慎坠崖，却无一人退缩，咬牙向上。历经一时辰，终攀崖而上，悄绕至倭贼后方。戚承光一声令下，五百精锐高声呐喊，挥刀突袭，喊杀震天。倭贼腹背受敌，军心大乱，岛口守倭纷纷回援，正面压力骤减。海正刚见状，令战船停火，小艇全力运将士登岛，正面部队趁势冲岸，与倭贼近身肉搏。
戚承光、海正刚内外夹击，将士们奋勇杀敌，倭贼死伤惨重，顽抗者尽被斩，余者弃械投降。此次奔袭，斩倭两百余人，俘八十余人，仅少数倭贼跳海逃窜，被水师战船逐一擒获。克蛇山岛后，大军清场，获倭贼藏匿之大量财物军械，皆为历年劫掠百姓所得。戚承光下令，财物尽数还百姓，军械统一收缴，交水师保管。百姓得回财物，对大军愈发感念，军民同心之谊更笃。
清剿战事逾月，大军辗转浙闽，跋山涉水、浴血奋战，军需后勤为固战力之关键。兵部侍郎裴衍亲赴宁波，代中枢督查粮草、军饷、军械补给，抵后即与戚承光、秦仲开后勤调配会。裴衍持物资清单，对二人道：“‘兵马未动，粮草先行’。朝廷知前线艰苦，已调粮草十万石、军饷五万两，后续粮草五万石、军饷三万两亦在途，不日可至；徐策改良之神威火炮、火铳及弹药，已尽数运抵泉州，由水师转运前线，可随时补大军之用。此外，工部派二十名工匠赴前，专司军械修缮，保火器、战船正常启用。”
秦仲亦报地方物资调配：“浙江布政使司已在宁波、台州设粮草中转站，积粮食、药品、御寒衣物，由户部右侍郎方泽统筹漕运，以漕运、海运并行之法，将江南粮草络绎运往前线，保各作战部队补给及时。同时，我令地方官组百姓两千人，编运输队、医疗队——运输队运资筑营，医疗队随军治伤，成‘军民联动、后勤无忧’之局。”戚承光谢中枢、地方之援，拱手道：“有中枢统筹、地方协办，粮草足、军械备、伤员得治，我等必早肃残倭，不负朝廷百姓重托。”
徐策所派工部工匠抵前，即对接海正刚，全面展开战船修缮、火器改良。工匠们逐船检修，换破损船板、船帆、绳索，加固船身防御，保战船适复杂海面作战；同时优化神威火炮，调射程精度，提其威力。海正刚亲试改良火炮，见射程增三成、精度大增，大喜道：“此等利器，足慑倭贼，后续东海决战，必成关键，多谢徐大人与诸位工匠！”工匠们复授将士火器保养、故障排除之法，提其火器使用熟练度。
都察院左都御史虞谦重前线军纪，派佥都御史柳清臣赴浙闽，巡抗倭前线，督查军纪与物资使用，严查贪墨军饷、克扣粮草、欺压百姓之举。柳清臣深入各营、粮草中转站，核粮草军饷发放记录，走访将士百姓。在宁海一营，柳清臣查得一边军将领私扣士卒粮饷，变卖获利，致士卒粮草不足、士气低落。柳清臣即擒此将，押至戚承光帅帐，据实禀报。
戚承光大怒，即令按军法处置，斩此将领示众，以儆效尤。全军将士凛然，无敢犯军纪者，军营风气愈肃。后勤有保障、军纪愈严明，大军战力愈强。戚承光率部南进，清剿台州、温州境内残倭；水师沿海南下，封港口岛礁，查过往船只，成“陆上清剿、海上封锁”之势，不给倭贼喘息逃窜之机。温州倭贼见大军势如破竹，或被歼、或投降，少数潜藏者亦被百姓举发擒获，浙闽清剿战事近尾声。
仲春时节，浙闽沿海晴空万里，海风宜人，暖阳洒海，波光粼粼。戚承光率部清剿至温州，温州知府已率地方官吏、乡勇候于城外。知府趋前拜见，拱手道：“戚将军率部荡倭，百姓翘首以盼。温州境内残倭多藏西部山区堡垒，此辈熟地形、路径杂，百姓皆熟山区地势，愿为大军引路；同时，某已组乡勇五千余人，守各村镇要道，防倭贼反扑，全力协大军清剿。”
戚承光纳其议，即部署：令地方乡勇分守村镇要道，查过往人员，防倭贼流窜；自率一千边军、五百水师，分两路——一路清剿山区堡垒残倭，一路巡沿海小岛，尽除倭贼藏匿点。同时，戚承光致信秦仲，令其协浙、闽两省布政使司，趁战事间隙，于浙闽沿海建烽火台、防御堡垒，固海防设施。秦仲得信，速调人力物力，组百姓、士卒共筑工事，令百户孙勇率部守已建成之烽火台、堡垒，构“烽火传讯、堡垒联防”之海防体系，从本上防倭贼卷土重来。
林文博续巡浙闽各地，既督战事进展，又导地方治理，严查官吏失职渎职。在温州某县，林文博查得县令畏敌避战，闻倭贼近，不组百姓乡勇抵抗，反携家眷财物出逃，致倭贼劫掠村落，百姓受损。林文博即擒此令，押至宁波府，同时奏报朝廷。萧燊得报龙颜大怒，下旨革此令官职，抄没家产，流放三千里；令郑明远兼摄该县令，速赴温州整防务、抚百姓，补其损失。
门下省右侍郎苏晚卿奉旨巡浙闽，督导民生举措，重倭患受灾百姓安置。苏晚卿深入沿海村镇，访受灾百姓，见部分百姓流离失所、无家可归，生计困苦。她即与秦仲议，推“安置流民、开垦荒田”之策：为流民分闲置田宅，发粮草、种子、农具；组工匠助百姓修损毁房屋，劝百姓垦荒田、复生产；同时免受灾地区三年赋税，减百姓负担。
苏晚卿对秦仲道：“‘民为邦本，本固邦宁’。唯使百姓安居乐业、无后顾之忧，海疆方能真定，抗倭大业方能根基永固。我等既需荡平倭患，亦需安抚民心、恢复民生。”秦仲深以为然，全力推行其策。大军清剿、地方协同、监察督导之下，浙闽海防愈固，倭贼无藏身之所、无补给之源，清剿战事神速。至仲春中旬，温州境内倭贼残部尽清，斩一百余人、俘四十余人，毁堡垒五座。全面排查后，浙闽沿海仅福建泉州外海金门岛，尚有少量倭贼藏匿，为最后待清据点。
仲春下旬，微风和煦，日光朗照，海面风平浪静，实为用兵之佳时。戚承光率两千边军、一千乡勇，乘二十艘水师战船，赴泉州外海金门岛——此为倭贼在浙闽沿海最后藏匿地，约百余名倭贼，由一倭首统领，负隅顽抗，欲凭海岛地形迁延，待海外倭贼支援。海正刚率水师先抵金门岛外海，速封海面隘口，形成合围，断倭贼逃路与支援；戚承光率部备登岛，发起最后清剿之战。
金门岛倭首知已穷途末路，却仍不死心，率部筑简易工事，积少量粮草弹药，决与大军死战。戚承光率部登岛，倭贼即发起猛攻，挥武士刀狂砍，箭矢、火铳齐发。戚承光身先士卒，持长枪与倭首交锋，枪尖凌厉、招招致命；倭首挥刀抵挡，二人激战数十回合，倭首渐体力不支，动作迟缓。戚承光抓其破绽，一枪刺穿倭首肩甲，将其生擒。
余倭见首被擒，斗志尽丧，或弃械投降，或顽抗被斩，无一人逃脱。克金门岛后，戚承光令将士全面清岛，逐片搜索、逐个排查，防倭贼潜藏。士卒深入山林、洞穴细查，终擒三名藏倭，尽除金门岛倭患。林文博复甄俘获四十余名倭贼，仅十余名为顽寇，余者皆为被胁海外流民。戚承光令斩顽寇示众，流民发粮草盘缠，遣返原籍，金门岛清剿之战毕。
金门岛大捷之讯传至泉州，泉州知府与秦仲率百姓，出城十里迎大军凯旋。百姓持锦旗、焚香跪拜，高呼“将军威武、陛下圣明”，声浪不绝。戚承光下马，扶跪拜百姓，语诚恳：“清剿倭患，乃将士本分，不敢当百姓大礼。海疆安宁，非某一人之功，实乃朝廷运筹、大军奋战、百姓相助之果。唯军民同心，方能永固海疆。”百姓感其诚，纷纷献粮果至军营，慰劳将士。
当日傍晚，戚承光亲撰捷报，详列战果：浙闽沿海倭贼残部尽清，斩倭八百余人，俘三百余人，毁倭堡二十七处、战船三十余艘，缴粮草数万石、军械数千件，沿海百姓复生产，海疆秩序归安，为后续东海决战除后顾之忧。捷报由八百里加急送京师，分奏蒙傲、秦昭，静候朝廷谕示。
浙闽沿海残倭尽清，戚承光率部守宁波府，未敢松懈，即刻整饬沿海防务，固清剿之果。他令将士加固已建防御堡垒，修缮烽火台，补堡垒内粮草军械，保防御完备；同时调水师、边军部署，加强沿海巡逻——海正刚率水师沿浙闽沿海昼夜巡弋，钱海生领游击船队，专缉零星海盗、漏网倭贼，防倭患复燃；复组边军、乡勇联训，提协同作战之力，为后续东海决战备兵。
秦仲得戚承光捷报，即入宫奏萧燊，同时奏请设“海防总署”，统筹浙闽沿海防务与抗倭事宜。秦仲道：“浙闽残倭已清，然东海仍有倭贼主力盘踞，恐卷土重来。设海防总署，可统调沿海水师、边军、乡勇，筹海防建设、情报收集，便应对东海决战，永固海疆。”萧燊准奏，下旨设浙闽海防总署，令戚承光兼总署统领，郑毅龙、海正刚为副，全权统筹沿海防务、抗倭事宜。
复下旨嘉奖参战将士：“戚承光、郑毅龙等将，率部清浙闽残倭，护海疆、安百姓，功不可没。特赐黄金千两、绸缎百匹，参战边军将士各升一级，乡勇有功者皆有封赏，赏银由户部即拨。”工部尚书冯衍续推军工制造，全力备东海决战：组数百工匠，融海外造船、火器之术，改良水师战船，优船身结构、提航速与防御；加神威火炮、火铳生产，改良弹药配方，提火器威力。
徐策亲守泉州造船厂，督新型战船建造，立军令状，期三月内造十艘新型战船，强水师战力。冯衍复令工匠造攻城、防御器械，络绎运往前线，为东海决战供军工支撑。中书令孟承绪与中书省左侍郎秦书言，借浙闽清剿经验，草《海防条例》，规沿海防务。条例明沿海各卫所、水师、地方官府职责，细水师巡逻、烽火传讯、百姓联防之制，将海防举措固化为常制。
纪云舟核条例时，补建言：“东海决战在即，海外倭贼动向至要。需增‘海外情报收集’条款，令玄夜卫协水师，于海外设情报站，集倭贼主力动向、兵力部署、补给之情，未雨绸缪，掌作战主动