清剿途中，郑旌始终恪守“恩威并施、剿抚兼济”之策，每攻克一处贼巢，必先斩顽抗酋首，悬首示众，以震慑贼众，再安抚被胁迫之胁从者，予其生路。行至桃花岛，岛上倭酋龟田三郎，性情残暴，率百余倭贼盘踞于此，更胁迫岛上数百百姓为质，负隅顽抗，声言若大吴军队贸然进攻，便屠戮百姓，玉石俱焚。郑旌见状，深知百姓性命攸关，未敢贸然进兵，令大军暂且屯驻岛下，令士卒隔寨喊话，晓以利害，反复言明“只诛首恶，不伤良民”，劝其释放百姓，束手就擒；同时暗中令地方乡勇联络岛上百姓，传递消息，约定夜半时分里应外合，解救百姓，突袭贼巢。
岛上百姓久受倭贼欺凌，被其劫掠财物、奴役劳作，恨之入骨，闻大吴军队前来救援，皆暗中响应，愿配合行动。夜半时分，月黑风高，夜色如墨，岛上百姓趁倭贼熟睡之际，悄悄打开寨门，放下绳索，大吴士卒蜂拥而入，与倭贼展开激战。寨内喊杀声震天，倭贼从睡梦中惊醒，仓促应战，乱作一团。龟田三郎见大势已去，深知难逃一死，怒而挥刀斩杀身边百姓泄愤，一名老丈不幸遇害。郑旌见状，目眦欲裂，怒火中烧，挺枪直冲龟田三郎，口中大喝：“贼酋休走！拿命来！”龟田三郎挥刀迎战，不及数回合，便被郑旌一枪挑于马下，当场毙命。余倭见状，魂飞魄散，或拼死抵抗，或跪地投降，战事旋即告终。
战后，郑旌即刻安抚被困百姓，命士卒分发粮草衣物，为受伤百姓诊治伤口，令其归家安业，重建家园；对其中数名被迫参与抵抗之百姓，亦未加追责，仅温言告诫其日后勿再为倭贼胁迫，安心耕织。百姓感其恩德，纷纷自发组织乡勇，为军队引路、送粮、传递情报，军民同心，清剿之势如破竹，所向披靡。不及两月，郑旌率部清剿沿海大小残倭据点十余处，斩杀倭酋八名，歼灭顽抗倭寇两千余人，俘虏胁从者八百余人，皆妥善安置遣返。此时，沿海残倭仅剩最后一股势力——倭酋松本太郎率五百余众，盘踞于远离大陆之东福山岛，负隅顽抗，企图长期盘踞。
东福山岛孤悬外海，距大陆百里之遥，四面环海，礁石林立，海浪滔天，地势极为险要，易守难攻。倭酋松本太郎，乃倭贼名将，悍勇善战，前番东海决战中侥幸逃脱，收拢残余倭贼五百余人，盘踞于此，筑建坚固防御工事，挖掘壕沟，架设火炮，储粮备械，囤积大量粮草兵器，企图长期据守，伺机卷土重来。郑旌侦知其详情后，召集海正刚、张彪等诸将议事，神色凝重地说道：“东福山岛地势险峻，海浪险恶，倭贼防御坚固，且粮草充足，若率大军强攻，不仅舟楫难行，恐伤亡惨重，且倭贼熟悉海路，若战事不利，极有可能逃窜外海，再难围剿。”
诸将闻言，皆面露难色，沉思良久，各抒己见，或言强攻，或言围困。郑旌沉吟再三，决计出奇制胜，沉声说道：“强攻不可取，围困耗时良久，恐生变数。吾意率百名精锐，趁夜登岛，突袭贼营，斩其酋首松本太郎，乱其军心，使其群龙无首，不战自溃。尔等留守战船，率主力封锁海面，严密防范倭贼逃窜，同时接应吾等登岛与撤离，切勿有丝毫差池。”海正刚、张彪等将皆欲随行，齐声说道：“将军此行凶险，我等愿随将军前往，共斩贼首！”郑旌固拒道：“此行需隐秘行事，人多易暴露行踪，反误大事。尔等守好海面，封锁退路，便是大功一件，无需多言，按计行事即可。”
是夜，月黑风高，狂风呼啸，海浪汹涌，海面漆黑如墨，正是隐秘行动之绝佳时机。郑旌挑选百名精锐士卒，皆熟习水性、勇悍善战之辈，身着轻便铠甲，携带短刀、长枪等兵器，乘十余艘快船，悄无声息地驶向东福山岛。快船在汹涌浪涛中剧烈颠簸，士卒皆屏息凝神，紧扶船舷，神色坚毅，毫无惧色，任凭海浪打湿衣衫。历经两个时辰之艰难航行，终抵东福山岛附近海域。郑旌令士卒弃船登岛，乘小舢板靠近岸边，绕至倭贼防御工事后方之偏僻浅滩，趁守倭士卒熟睡不备，悄悄登岛，斩杀数名哨兵，不留痕迹，随后率军悄然潜入岛内，直奔倭贼主营。
此时，倭贼主营内灯火通明，人声鼎沸，松本太郎正与残余倭贼饮酒作乐，庆贺苟延残喘之命，全然不知大吴军队已潜入岛内，危机四伏。营内倭贼皆酩酊大醉，毫无防备。郑旌见状，心中大喜，低声传令士卒做好突袭准备，随后率部骤冲入营，大喝一声：“倭贼贼首，速来受死！”声震营寨，响彻夜空。松本太郎大惊失色，酒意全无，慌忙起身挥刀迎战，倭贼士卒亦纷纷操械抵抗，乱作一团。双方展开殊死搏斗，营内喊杀声、兵器碰撞声、惨叫声交织在一起，惨烈异常。
战势极为惨烈，大吴士卒虽精锐勇猛，然寡不敌众，面对数倍于己之倭贼，死伤过半，仅剩数十人仍在顽强抵抗。郑旌身中数创，肩部、腿部皆被长刀砍伤，铠甲被鲜血浸透，衣衫染血，却愈战愈勇，丝毫不见退缩之意，手中长枪如猛虎下山，枪挑剑劈，连斩数名倭贼，直扑松本太郎。松本太郎悍勇异常，长刀挥舞，招招致命，二人激战数十回合，不分胜负。郑旌强忍伤痛，凝神聚力，瞅准松本太郎挥刀之破绽，猛地挺枪向前，一枪刺穿其心脏，松本太郎双目圆睁，惨叫一声，倒于地上，酋首毙命。残余倭贼见首领已死，斗志全无，无心恋战，或战死，或跪地投降，东福山岛残倭被彻底肃清，沿海倭患自此根除。
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东福山岛之捷，标志着困扰大吴多年之沿海倭患终被肃清，消息传至各营，将士皆欢欣鼓舞，百姓亦奔走相告，额手称庆。郑旌率部归返宁波卫营寨，稍作休整后，旋即与父帅郑毅龙、兵部左侍郎邵峰等将，全力推进海防体系完善工作。此时，工部尚书冯衍督造之新式火器战船已陆续交付水师，此批战船船体坚固，配备新式火炮数十门、强弩百余张，火力强劲，远超旧船；兵部右侍郎裴衍调配之粮草物资亦悉数到位，粮草充足，器械完备，海防建设步入佳境，各项工作有序推进。
防御体系建设之上，郑毅龙与郑旌父子亲遍历沿海要港、海湾，择险要之地筑建坚固海防堡垒，共筑堡垒二十余座，每座堡垒皆通体以砖石砌筑，配备新式火炮、强弩等防御器械，派精锐士卒驻守，严阵以待。水师建设之上，将剩余精锐水师分为三队，每队战船二十余艘，士卒两千余人，轮流巡弋于东南沿海海域，常态化防范倭患与海盗侵扰，海正刚、钱海生、郑小虎等将，分统各巡逻船队，往来于宁波、泉州、广州等沿海海域，舟楫相望，旌旗猎猎，声势浩大。
预警体系完善之上，明洲岛至大陆之海防预警链已全面建成，共筑建大型了望台十二座、烽火台三十余座、驿站十五座，各站点之间互联互通，形成完整预警网络。值守士卒二十四小时坚守岗位，日夜了望、巡查，一旦发现倭贼或海盗踪迹，立即通过烽火、信号旗、驿站快马等方式传递预警信息，警讯自上而下快速传递，内陆各州府与水师皆能即时响应，从容应对，做到早发现、早预警、早处置。
军地协同之上，建立常态化军地协同防御机制，令沿海各府、县官员，组织乡勇训练，每县招募乡勇五百至一千人，配备兵器，定期训练，协助军队巡查海防、传递情报、守护村寨；秦仲、韩松年等布政使，亲督导沿海百姓安置与生产复苏工作，同时组织百姓加固海堤、修筑民防工事，挖掘壕沟，构建百姓自保防线，形成“军队守要塞、乡勇护里巷、百姓筑屏障”之全方位、多层次防御格局，军民同心，共护海疆安宁。
此外，郑旌借鉴东海决战与此次残倭清剿之丰富经验，组织诸将制定详细海防应急处置预案，明确各级将领与地方官之职责权限，划分防御区域，规定响应流程，遇有倭寇或海盗侵扰，即刻启动应急预案，水师、边军与乡勇协同作战，快速集结兵力，合力围歼来犯之敌，确保能快速、有效地处置各类海疆突发情况。完善后之海防体系，如金城汤池，坚不可摧，守护东南海疆，自此无虞，百姓再无倭患之扰。
沿海倭患彻底肃清、海防体系初步完善之捷报，由驿马星夜兼程送往京城，驿卒换马不换人，日夜疾驰，数日之内便抵皇城。萧燊览毕捷报，龙颜大悦，当即召集内阁阁老与六部尚书入宫议事，朝堂之上，气氛热烈，群臣纷纷上奏，盛赞郑旌忠勇善战、身先士卒，不负陛下重托；称赞郑毅龙运筹帷幄、统筹有方，筑建海防屏障劳苦功高，恳请陛下对二人及麾下有功将领予以重奖，以鼓舞朝野士气。
尚书令楚崇澜率先上奏，躬身说道：“陛下，郑旌将军伤愈请缨，率部出征，身先士卒，冲锋陷阵，斩将夺旗，历时数月，肃清沿海残倭，功绩卓着，实乃国之栋梁；郑毅龙将军统筹东南海防建设，构建岛陆联动预警体系，筑牢海疆屏障，日夜操劳，劳苦功高。二人皆忠勇之士，心怀社稷，心系黎民，当予以重奖，以励朝野将士，使其皆能效忠报国。”中书令孟承绪亦上前附言：“楚尚书所言极是。郑旌将军‘杀至最后、寸土不让’之忠勇之气，堪为全军表率，其功绩当载之史册，以传后世，激励后人忠勇报国，守护疆土。”其余群臣亦纷纷附和，恳请陛下嘉奖。
萧燊准奏，龙颜大悦，当即颁下圣旨：晋封郑旌为镇倭将军，赏黄金百两、锦缎千匹，赐“忠勇无双”金字匾额一面，其麾下将士皆赏银十两；晋封郑毅龙为海防大都督，节制东南沿海所有兵马，赏白银五百两、锦缎五百匹；海正刚、钱海生、张彪等有功将领，各按其功，晋升官职、赐予赏赐，或升阶，或赏物；令太常寺卿云鹤年，即刻筹备庆功大典，犒劳前线将士，宴请诸将，彰显朝廷恩宠。圣旨颁下，朝野震动，将士皆欢欣鼓舞，士气大振。
庆功大典当日，皇城内外，鼓乐喧天，旌旗招展，彩绸飘扬，一派喜庆景象。萧燊亲御太和大殿，接受诸将朝贺，为郑旌、郑毅龙等将颁奖。郑旌身着崭新铠甲，手持“忠勇无双”匾额，昂首步入大殿，跪地谢恩，声如洪钟：“臣之微功，皆赖陛下圣明指引、将士们奋勇用命，非臣一人之功。臣定当恪尽职守，坚守海防，不负陛下重托与百姓期望，永护大吴海疆安宁！”萧燊亲扶其起，温声道：“汝等忠勇报国，护我海疆，安我黎民，朕心甚慰。望汝等再接再厉，戒骄戒躁，永固海疆，为大吴社稷鞠躬尽瘁。”
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随后，萧燊复下圣旨，令太傅林文昭（致仕宰相），在编撰国史之时，将郑旌抗倭保国、肃清海疆之功绩详细载入史册，与前朝抗倭名将戚继光、其父郑毅龙并称“抗倭三杰”，永留青史，供后世敬仰与缅怀。林文昭躬身领命，感慨道：“戚公与郑氏父子，皆以忠勇之心抗倭保国，以赤诚之心守护黎民，其功昭日月，其德感天地，其忠勇之气万古长青，载入国史，实至名归，亦能激励后世子孙，铭记英烈，忠勇报国，守护我大吴疆土。”
海疆既安，倭患尽除，东南沿海百姓终得摆脱倭患之苦，重拾安宁生活。浙江布政使秦仲，即刻率所辖府县官员，全力推进沿海百姓安置与生产复苏工作。秦仲下令，对在倭患中流离失所、无家可归之百姓，逐一登记造册，为其划分田亩，发放粮草、种子与农具，令其返乡耕作，重建家园；同时令杭州知府沈明远、广州知府梁文蔚等地方官员，组织工匠修复被倭贼损毁之港口、商铺、民居与寺庙，疏浚河道，平整土地，尽快恢复地方正常秩序。
宁波、泉州、广州等沿海重要港口，昔年因倭患频繁，商船不敢停靠，港口萧条破败，如今海疆安定，海外贸易渐次复苏，日益繁荣。福建按察使司佥事林文博，专门负责规范海外贸易秩序，严打海盗与走私行为，设立贸易关卡，查验商船货物，保障商人合法权益。四方商人闻之，皆云集沿海港口，将大吴之丝绸、茶叶、瓷器、布匹等优质物资，通过商船运往海外诸国，同时从海外引进香料、药材、珠宝、器物等稀缺物品，港内商船林立，人声鼎沸，舟楫往来，络绎不绝，装卸货物之士卒、商人往来穿梭，一派繁荣兴盛之象。
山东布政使韩松年，亦在山东沿海地区全力推进民生复苏与商贸发展工作。韩松年令地方官组织百姓兴修水利，疏浚河道，修筑堤坝，防止水患，同时推广新麦种与耕作技术，组织农技师下乡指导百姓耕种，提升粮食产量，保障百姓衣食无忧；同时督导沿海盐场改革，整顿盐场秩序，吸纳在倭患中失去生计之百姓入盐场劳作，传授制盐技艺，增加百姓收入。韩松年对地方官员训诫道：“《管子》有言‘仓廪实而知礼节，衣食足而知荣辱’，海疆安定，百姓方能安居乐业，商贸方能繁荣兴盛，此乃陛下筑固海防之初心，亦是我等为官之职责所在，尔等当尽心竭力，安抚百姓，发展生产。”
郑旌与郑毅龙父子二人，并未因功自满，居功自傲，仍时常巡历沿海各地，督导士卒训练与预警站点值守，检查海防堡垒与战船状况，确保海防无虞；同时亦亲赴乡野村落，走访百姓，问其疾苦，解其困厄，了解百姓生产生活情况，对生活困难之百姓，予以救济。在宁波乡间，一位白发老丈见郑旌到来，跪地致谢，老泪纵横：“蒙将军肃清倭患，吾等方能重返家园，耕织度日，安居乐业，将军之恩，没齿难忘！”郑旌急扶老丈起身，温声道：“守护百姓安宁，乃吾等将士职责所在，老丈不必多礼。尔等安心耕织，便是对我等最大之支持。”
短短半载之间，东南沿海地区农桑兴旺，田地肥沃，庄稼丰收，百姓衣食无忧；商旅辐辏，港口繁荣，贸易兴盛，地方经济稳步增长；村落安宁，百姓安乐，邻里和睦，一派欣欣向荣之象。沿海百姓皆颂萧燊皇帝远见卓识，决策英明，筑固海防，肃清倭患；称赞郑旌、郑毅龙等将忠勇报国，守护家园，百姓安居乐业，民心所向，国本愈固，大吴社稷愈发安定繁荣。
东南海防建设之显着成效，很快传至京城，萧燊皇帝闻之，极为欣慰，即刻召集群臣议事，商议将东南海防建设经验推广至全国沿海地区，筑牢全国海疆屏障。萧燊端坐主位，对群臣说道：“东南海防之制，经实践检验，成效显着，既能肃清倭患，又能防范侵扰，护百姓安宁，此等良策，当推而广之，在全国沿海地区全面推行，筑全国海防之坚固屏障，使倭贼海盗，再不敢窥我大吴海域，永绝海疆之患。”
秦昭趋前躬身上奏，详细阐述推广之策：“陛下圣明！推广东南海防经验，需统筹规划，分步而行，不可急于求成。一者，在全国沿海各府县，仿东南之制，全面建设岛陆联动预警体系，筑建了望台、烽火台，设立驿站，确保预警无盲区；二者，调遣全国精锐水师，分驻各沿海海域，常态化巡逻值守，防范倭贼与海盗侵扰；三者，令各地方官组织乡勇训练，协助军队守护海防，传递情报；四者，完善军地协同防御机制，明确各方权责，遇有警情，快速响应，合力处置。”
萧燊准奏，当即颁下圣旨：令郑毅龙牵头，组织麾下将领与官员，全面整