在公孙鞅的治理下，秦国已逐渐强盛起来，并且按着预定的谋划一步步向着“威服天下诸侯”的大业稳步前进，而这一切谋划的“领军主帅”，正是公孙鞅。如果此时“领军主帅”突然甩了大印，秦国的政事将陷入一片混乱，所谋也将毁于一旦。
秦孝公刚走进左庶长府中，就见公孙鞅慌忙迎上前来，跪地行以大礼，但见公孙鞅脸上布满愁意，却无丝毫病容。
好你个公孙鞅，又在寡人面前耍起奸来了。秦孝公心中恨恨说着，脸上却满带着笑容，扶起公孙鞅道：“爱卿之疾怎么样了？寡人心中甚是不安，只怕是朝政之事累着你了。”
公孙鞅眼圈红了：“臣之疾，乃是心疾也。非药石可医，唯大王能够医之。”
秦孝公大奇，道：“寡人非医，何能医爱卿之病？”
公孙鞅将秦孝公迎于内堂，跪地言道：“微臣乃草野之人，蒙主公不弃，委以国政，待如上卿，此恩虽天地之至大，亦不能及也。微臣感主上大恩，欲肝脑涂地，竭尽心智报答。今幸有所成，而妒者之毁俱至，微臣一口难辩众人之舌，且连累主公受辱，罪莫大焉。微臣心痛，是痛我秦国新法尚未尽备，就欲夭折，使微臣的报国之志，亦不能尽于主公矣。”
什么，新法尚未尽备？秦孝公心中一惊，忙离座再次把公孙鞅扶了起来。
“唉！前日寡人酒醉，使爱卿受了委屈，实为寡人之过也。”秦孝公说着，向公孙鞅行了一礼。
公孙鞅再次跪下来，连连磕头：“微臣岂敢担当主公之礼，死罪，死罪啊！”
“寡人今日改过，总不算晚吧。寡人明日下诏，从此以后，不许公子虔入朝议政。”秦孝公说道。
公孙鞅心中大喜，脸上仍是满带愁意：“微臣与公子虔并无私仇，只是公子虔恃其为宗室亲贵，又有贤者之名，肆意毁谤新法，若久在朝中，必会生出乱事。”
秦孝公点点头，道：“这些寡人早已知晓，所以一直未让公子虔参与朝政之事。不过，爱卿也不必将公子虔放在心上，他不过多看了几部书，自认有才，喜好发狂而已。”
公孙鞅道：“公子虔发狂不足惧之，恐有人借其名望，迷惑百姓，扰乱新法。”
“这个更不须虑。国中凡有诬蔑新法者，即是诬蔑寡人，爱卿可论律治罪，寡人绝不干预。”秦孝公道。
“新法之事，可富国强兵，原是人人称赞之善举。然百姓习于旧法，不免对新法有所不适，自会生出怨言。且奸民因新法而不得逞其奸，更是对新法恨之入骨。故新法之行，所用之人不当，不能成功；用人得当而又任之不专，不得成功；任而专之又惑于众人之言，有所疑虑，亦不能成功。”公孙鞅说道。
秦孝公笑道：“寡人早就说过，秦国的一切大事，当由左庶长做主。谁敢对抗左庶长，就是对抗寡人。明日在朝堂上，寡人当再度宣示此诏。嗯，寡人的这服药，医得了你的‘心痛之疾’吗？”
公孙鞅匍匐在地：“主公之恩，可昭日月，微臣虽粉身碎骨，也难报万一矣。”
秦孝公只虚抬了抬手，道：“爱卿请起。闻说爱卿的新法尚未尽备，不知那未尽之处为何？”
公孙鞅站起来，恭恭敬敬地说道：“前些年所行新法，不过为戈上之刃，取其锋利，易于见效，易于破旧也。然戈缺其柄，难成大器矣。今日微臣已拟出六条律令，可为新法之柄。主公持此大器，当可雄视天下，成其大业！”
“好！”秦孝公大赞一声，“还请爱卿详细道来。”
公孙鞅详细叙述起来：
第一条，实行“开阡陌封疆”，使田地可以买卖。
“阡陌”是一亩田地的田界，“封疆”是一顷田地的田界。秦国实行古法，全国的田地，俱为国君所有，百姓每户依人口多少，由国家授给田地，并向国家缴纳赋税。每隔数年，由国家重新分配一次。百姓不得私开“阡陌封疆”，否则，当以盗贼之罪论处。百姓被束缚在“阡陌封疆”之中，终年劳作，却不得饱暖，对农耕之事极是厌倦，时有逃亡发生。
秦国对于逃亡的百姓，历来是残酷镇压，擒获逃亡者，立即斩首示众。有些百姓偷偷开垦私田，由于不交赋税，渐渐变富。众人竞相仿效，争开私田，而对其所受的“阡陌封疆”内的田地，则不甚出力。赋税之额，为田地出产的十分之一以上。百姓对田地不甚出力，所产大减，而国家所收的赋税，亦是大减。
秦国君臣对“私田”大为头疼，屡次禁止，屡次失败。其原因在于各公室贵族亦竞相开垦私田，从中获其厚利。而百姓为逃避官府追究，往往将“私田”附在公室贵族名下。秦国对私田越是禁止，私田反倒越多，最终在献公之时不得不承认了私田的存在。
国家承认了私田，就可以从中收取赋税，能大得其利。但因“阡陌封疆”的存在，私田之数总被隐瞒，无法查清，反而收不到什么赋税。且富者多买田地，租税尽归私人之手，于国家极为不利。
“开阡陌封疆”实际上是把所有的田地都变成了私田，国家见田即收其税，使私田无从隐瞒，国家大得其利。当然，这种田地之税，比过去的赋税要轻了许多。如此，百姓所得，亦是多于往昔，无不愿意在田地上多出其力，以尽量多得出产。
第二条，全国实行县制，由国君直接管理。
功臣封地削除，改授食邑，功臣只得食邑之利，不能拥有所封食邑的军政之权。秦国之地共划为四十一县，每县设县令、县丞、县尉各一人。县令为一县之长，总管一切。县丞执掌民政之事，县尉主掌军务之事。县令、县丞、县尉之下再置小吏数人，分掌细务之事。如此，则全国归于一统，可使国君权威遍及朝廷内外，政令通达，国力当大为增强。
第三条，迁都咸阳，广修宫殿，君临天下。
咸阳之地靠近渭河，形势险固，物产丰富，交通便利。立都于此，可更加方便地发布政令，征集军队，有利于东征中原。
第四条，统一度量衡，使赋税的收取更加便利，少有争端。
给每县发给一枚标准“禾石”，每石的重量，以此为标准。同时发给标准的“方升”、“长尺”，以此作为容量和长度的标准。国家须常派大臣巡视各县，检查度量衡之器是否符合标准。符合者赏，不符合者罚。如果与标准相差过大，则处以大刑。
第五条，除田地之税外，国家还须按户收取“口赋”，以补“田税”之不足。凡男子成年后，必须与父母分家，另立门户，缴纳“口赋”，家有二男而不分者，赋税加倍。
第六条，秦国百姓，多有戎狄之族，喜父子兄弟同室住居，全族亦同聚一处而居，此不利于开垦荒田，多立门户。国家当下令禁止父子兄弟同室居住，族人过十户者，必须另迁他处。
“好，好！”秦孝公听了，连声称赞，喜形于色。公孙鞅所说的六条中，有两条他早就想加以实行。
一为迁都。秦孝公觉得咸阳之地，才是君临天下者应居之地，早就在暗中准备迁都，曾派内侍带着太卜前往咸阳踏勘适合建造宫殿的“风水宝地”。
二为统一度量衡之器。秦孝公喜好财物，常到宫中清点所藏粮食布等物，每次都因为各种度量衡的不同而换算不休，弄得他多次乘兴而去，败兴而归。
至于其余的四条，秦孝公也认为是富国强兵、扩大君权的上上之策，应立即实行。
次日，秦孝公大会群臣，宣布实行第二次变法，并重申：秦国大事，俱由左庶长做主。此外，秦孝公还下了一道诏令：公子虔擅议朝政，罚其交纳黄金百斤，非宣不得入朝。
在得到了秦孝公的大力支持后，公孙鞅雷厉风行地实行了第二次变法。这一次，反对公孙鞅的人更多了。
“开封疆”这一条，于国有利，于民亦是有利，反对的人并不多，但实行县制，使原先的功臣贵族在封邑失去了许多特权，引起了他们极大的不满。而迁都咸阳，又使许多留恋故地的人们生出了怨意。统一度量衡之器开始时众人俱不习惯，经常出错，遭到了官府的严厉处罚，使人们心中恨意大起。加收“口赋”，强令分家，更是令全国上下不论贫富，俱都强烈反对。迫令戎狄之族改变风俗，则激发了戎狄之族本来就对秦国朝廷非常痛恨的情绪，一时间处处都可见到违反的戎狄之族。
对于反对新法的人，公孙鞅不问青红皂白，一律处以斩首的大刑，并悬其首级示众。
公孙鞅在朝中道：“凡行新法，必须立威，不立威则难以服众。立威的最好办法，就是杀头。”对于公孙鞅的言语，众朝臣自是齐声称赞，并无一人敢加以反驳。于是，秦国上上下下，再度陷入了血腥之中。
公孙鞅大为忙碌，每日除忙于新法之事，还要亲至刑场，监视众吏卒行刑。他发觉每日吏卒斩杀犯人，到了三百之数便停了下来。公孙鞅心中奇怪，问：“此为何故？”
吏卒曰：“杀人若过三百，必惊动鬼神，降下大灾。”
公孙鞅勃然大怒，厉声道：“难道那无行无迹的鬼神，竟比我的政令还要厉害吗？”
众吏卒匍匐在地，不敢回答。
公孙鞅当即将众吏卒以“违令”之罪全数斩杀，然后另换了吏卒，继续行刑。那一日，刑场上一下子被杀死了七百人，鲜血流进渭河，将渭水都染成了赤色。秦国人见公孙鞅如此刚狠好杀，满腹的怨恨之意，再也不敢说出口来，甚至睡梦里见到了公孙鞅，也惊骇得大叫“救命”，醒来后汗流满面，浑身发抖。
戎狄之族的群起反抗，也很快被秦国强大的兵威镇压了下去，没有酿成大乱。公孙鞅甚是得意，常常乘车出巡各县，察看新法的实施情形。沿途官吏闻听公孙鞅到来，早早就跪在城郊的大道上，恭迎左庶长的大驾。
一日，公孙鞅巡至旧都栎阳，忽见城外一大片田地依然是阡陌纵横，并未依新法开垦。公孙鞅立即招来栎阳县令，问：“此田为何人之田，怎敢不依新法？”
栎阳县令磕头答道：“此乃太子食邑之田也，太子不许开阡陌，卑职亦无可奈何。”
公孙鞅怒道：“太子虽贵，岂能贵于朝廷法令？尔身为一县之长，不能令新法实行，要尔何用？”他当即传令，免除栎阳县令之职，由下属代司其职，然后驰回咸阳。
哼！这定是公子虔不服，唆使太子与我为难。这一次，我可不能放过你。公孙鞅回到咸阳后，立入内宫面见国君，禀告太子犯法之事，请求处置。秦孝公面露难色，略带怒意地说道：“难道，寡人就因此事杀了太子吗？”
“太子贵为储君，自然不可加刑。”公孙鞅见秦孝公不悦，立刻说道。他深知，秦孝公对太子极是宠爱，好几次他有意攻击太子，都惹得秦孝公极不高兴。
“可是，我秦国之法又绝不可废，这便如何是好？”秦孝公怒意顿消，问道。
“太子年少，难知政事，其不遵法令，罪在其师，当治其师之罪。”公孙鞅答道。
“当治其何罪？”
“治其教唆太子，对抗朝令之罪。”
“啊！”秦孝公大吃一惊，“若以此论罪，公子虔当处以斩首大刑，其家人子女，亦当罚做官奴。”
“正是。”公孙鞅神色俨然地说着。
“不可，不可。”秦孝公连连摇头。
“为何不可？”
“公子虔乃是天下知名的大贤，寡人岂可自斩贤才？况且太子年少，其犯法之由，不一定出自公子虔之教。”
“如此，岂非当治太子之罪？”
“不，不！这更是不可。嗯，爱卿看在寡人分上，且饶了那公子虔一命吧。”
“这……”公孙鞅为难地想了想道，“国法绝不可废，公子虔死罪可免，活罪难饶。”
“只要不杀公子虔，爱卿自可依法行令。”秦孝公松了一口气，生怕公孙鞅反悔，连忙说道。
公孙鞅听了，立即大会朝臣，议定公子虔“失职”之罪，将公子虔处以劓鼻之刑，并在脸上刺上“罪囚”二字。这种刑罚，平日专用于盗贼身上，极少用在公子虔这等宗室贵族身上。公子虔身受这等刑罚，视作奇耻大辱，独坐于内室，欲拔剑自杀。就在公子虔举起佩剑的时候，张仪和公孙衍急急走进内室，拉住了公子虔的胳膊。
“大人此举，正中公孙鞅奸计也。公孙鞅行此酷刑，正是欲迫使大人蒙羞自尽。”张仪说道。
“公孙鞅闻听大人自尽，当仰天大笑，以为永绝后患，可以为所欲为了。”公孙衍说道。
公子虔听了，双手颤抖，那柄佩剑再也无法刺下去了。
听到公子虔安然受刑，公孙鞅大觉扫兴，只得按下满腔杀意，另寻除掉公子虔的机会。但公子虔自受刑之后，即不出大门一步，令公孙鞅无法寻到他的任何错处。
太子见到老师受刑，大感愤怒，入宫求见，欲攻击公孙鞅，话未出口，就被秦孝公痛骂一顿，赶出了宫门。公孙鞅闻听此事，大感振奋，勤于政事，日夜监督落实新法的实行。几年之内，秦国赋税户人就增加了两倍，从而得以大量购置战车甲仗，其武器之精良，远远超过中原列国。
这时，传来了魏国尽起国中精兵，由魏惠王亲自统率，向韩国大举进攻的消息。公孙鞅大喜，告于秦孝公，魏伐韩国，齐必救之，中原将大乱矣。魏国不论胜败，经此大乱后，国力定是大弱，我秦国可乘虚夺取西河之地矣。秦孝公亦是大喜，当即征集精兵十万，和公孙鞅共同统领，隐伏于秦、魏边境，伺机进攻。
周显王二十七年（公元前342年）秋，魏惠王以韩国国君不亲至大梁“朝贡”为由，突然发动二十万大军，自为主帅，由庞涓和太子申充作左右将，向韩国展开了猛烈的进攻。韩昭侯亦发动倾国之兵，与魏军对抗，不料却是连战连败，一下子被魏国夺占了十余座城邑。
韩国君臣惊恐之下，连忙派出使者，向齐国求救。魏国乘胜追击，将韩昭侯所率领的韩国大军围困在南梁城中，日夜猛攻。南梁城墙高大坚固，魏军连日猛攻，无法攻下，遂在南梁城四面扎下营垒，作长久围困的打算，想以此逼迫韩昭侯献城投降，吞并整个韩国。
韩昭侯岂肯投降，一边亲上城墙巡视，鼓舞士气，一边焦急地盼望着求救使者早日返回。齐威王见了韩国的求救使者后，立即大会群臣，商议应对之策。相国邹忌道：“魏虎狼之国也，韩亦为虎狼之国。两国相攻，于我齐国大是有利，我齐国不必救韩，只需坐观两虎相斗，然后拣其伤重者攻之，所获定多。”
大司马田忌道：“相国之言差矣。魏强韩弱，我齐国若坐观其斗，则韩国必为魏国所灭。若魏国兼有韩国土地人众，其国势之强大，恐非我齐国所能相敌。”
齐威王连连点头：“大司马说得是。魏国乃我齐国之